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如果您收到了来自12368的立案短信，但是在法院系统中查询不到相关信息，可能有以下几种情况。
1、短信可能是诈骗信息：请确认短信是否来自真正的12368法院服务号码，有时诈骗者会伪造类似的信息以获取您的个人信息或钱财，您可以联系当地的法院或12368客服来验证短信的真实性。
2、案件可能刚刚提交或尚未处理：如果您最近才提交案件，那么可能法院还没有时间处理您的案件，或者案件信息尚未更新到查询系统中，您可以稍后再试，或者联系法院查询案件状态。
3、查询方式可能不正确：您可能查询时输入了错误的信息，或者查询方式不正确，请确保您输入了正确的案件编号、姓名和其他必要信息，并使用正确的查询方式（通过法院官方网站、电话查询等）。
4、法院系统可能出现技术问题：有时法院系统可能会出现技术问题，导致您无法查询到案件信息，您可以稍后再试，或者联系法院寻求帮助。
建议您先联系法院或12368客服确认短信的真实性，并了解案件的具体情况，如果确认是真实的案件，但您仍然无法查询到相关信息，您可以请求法院提供其他查询方式或帮助您解决问题。